让剧情发生了改变，碇真嗣没有像原剧那样，在打完第四使徒之后就离开了，他依然还在接受叶云的训练，包括绫波丽也是。
绫波丽因为铭烟薇暂时顶替了她的位置，所以不需要上场，现在他身上的伤势已经完全恢复了，所以现在除了上学之外，也跟碇真嗣一起接受叶云的训练。
这样的日子持续了十来天，终于发生了改变，明日香跟二号机即将抵达岛国，他们要前去交接，而随同护送舰队一起过来的，还有加持，也就是葛城美里的前男友。
他的这个身份并不是叶云所关注的，叶云关注他是因为他这次回来还带了一样东西，一样人类补全计划当中非常重要的东西，亚当的**。
原本亚当二笔发现的时候是一个长着巨大光翼的百米巨人，第一次冲击就是因为亚当被发现而引起的，当时也不知道死了多少人跟动物。
第一次冲击之后，人类将亚当“回收”，并让亚当退化，从百米高的巨人变成了一个只用手提箱就能装走的胚胎，而加持将亚当带来是因为，碇真嗣的父亲碇源渡想要将亚当移植到自己的身上。
他之所以这样做是因为他的妻子在一次驾驶初号机的时候消失在了驾驶舱，不过这个消失并不是说她死了，而是她的身体消融，灵魂进入到了初号机的核心当中，而当初号机获得生命之果时，就是她获得永恒生命的成神时刻。
碇源渡将亚当移植到自己的身上其实也是打着同样的想法，因为他唯一的愿望就是再次见自己的妻子，但自己的妻子已经成神，所以想要再见她，自己就必须成神，而亚当就是他成神的机会。
当然单纯将亚当移植到自己的身体内是无法成神的，因为这个亚当只是一个躯壳而以，不过他已经找到了亚当的灵魂，而亚当的灵魂正是第十七使徒，渚薰。
如果让渚薰在一个合适的时机死去，那他的灵魂就回回到亚当的躯壳之中，而当亚当的灵魂与躯壳融合为一的时候，就是碇源渡成神的时候。
原剧中碇源渡有没有成功叶云没有看懂，不过他确实再次看到了自己的妻子，而叶云关注加持并不是像抢亚当，他其实只是像弄点样本而以。
碇源渡并不知道叶云已经盯上了他志在必得的亚当，不过他虽然没有发现，但却出于谨慎，为了让计划不出纰漏，也为了避免计划进一步出现不可预料的变化，他没有让铭烟薇参与二号机以及专门运来给她驾驶的二号机改的交接工作，而是以加强训练的名义跟叶云一起被留了下来。
他这样做的目的是因为明日香是eva驾驶员当中唯一跟碇真嗣同龄的女孩，而人类补完计划成功之后需要新的亚当跟莉莉丝，现在亚当已经确定为碇真嗣，所以明日香的身份就可想而知了。
然而，这一切真的会如碇源渡所预料的那般吗？
ps：感谢“°distance”的又一个万赏！！！
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