是当目标的缝隙大于微波的波长时，微波弹爆炸产生的微波脉冲可以从目标缝隙钻进去，令敌方防不胜防。比较成熟的是投掷式微波弹，正在进一步实用化。
这一杀伤机理分为“非热效应”和“热效应”。非热效应指当微波照射强度低时，使导弹和雷达的操纵人员、飞机驾驶员以及炮手、坦克手等的生理功能紊乱（如烦躁、头痛、记忆力减退、神经错乱以及心脏功能衰竭等）。
微波的功率密度达到13m/cm2时，武器操纵人员的工作状态会发生变化，导致武器系统失灵。热效应指在高频率微波照射下，人的皮肤灼热，眼白内障，皮肤内部组织严重烧伤和致死等。当微波的功率密度为0.5/cm2、单个脉冲释放的能量达到20J/cm2时，会造成人体皮肤轻度烧伤；当功率密度为20/cm2时照射2s，可造成三度烧伤；当功率密度为80/cm2时，仅1s就可使人丧命。
微波武器的另一个特点是，只要目标的缝隙大于微波的波长，它就可以经过这些缝隙进入目标的内部，还可通过玻璃或纤维等不良导体进入驾驶舱内，杀伤里面的人员。
破坏各种武器系统中的电子设备，使其丧失作战效能，又称非核电磁脉冲效应。当微波的功率密度为0.01～1μ/cm2时，可以干扰相应频段的雷达、通信、导航设备的正常工作；0.01～1/cm2时，可使探测系统、C4I系统和武器系统设备中的电子元器件失效或烧毁；10-100/cm2时，高频率微波辐射形成的瞬变电磁场可使金属表面产生感应电流，通过天线、导线、电缆和各种开口或缝隙耦合到卫星、导弹、飞机、舰艇、坦克、装甲车辆等内部，破坏各种敏感元件，如传感器和电子元器件，使元器件产生状态反转、击穿，出现误码、记忆信息抹掉等。
强大的电磁辐射会使整个通信网络失控，这是因为大脉冲功率超过敏感元器件的额定值，设备会因过载而造成永久性毁伤。如果辐射的微波功率足够强，则装备外壳开口与缝隙处可以被电离，从而变成良导体；103～104/cm2时，会在很短的时间内使目标受高热而破坏，甚至能够提前引爆导弹中的战斗部或炸药。
能够攻击隐身武器。隐身武器除了具有独特的气动外形设计以减少雷达反射波之外，更重要的是采用吸波材料，吸收雷达要探测的电磁波。如美国的-2隐身轰炸机不仅机体采用吸波材料，而且机体表面也涂有吸波涂料。高频率微波的强度和能量密度要比雷达微波高几个数量级，它产生的纳秒级脉冲的主瓣频带达数千兆，远超过吸波涂层的带宽。气动外形设计和吸波涂层的隐身效果约为30d，而高频率微波源的发射功率足以抵消这种隐身效果，轻者可使机毁人亡，重者甚至可使武器即刻熔化。
高功率微波武器还能破坏反辐射导弹的制导系统，使其偏离航向。
最早尝试将电磁波作为武器是二战时期，在雷达发明并成功应用于实战不久就有人创造性的提出用电磁波去攻击对方飞机。到战争后期，当时的纳粹D国为对抗处于绝对优势的盟军空中力量，其科学家提出用特的大型聚焦天线将电磁波汇焦后发射出去用来击毁盟军飞机。
纳粹D国曾经对此进行过相当系统的研究并取得一定成果，由于战争进程太快，因此纳粹D国将其电磁波武器的资料通过潜艇送到日本。当时同样饱受M军战略轰炸的J早先也曾经对此做过研究，但由于自身技术实力实在太差〔注：在二战几个主要国家中日本军事科技实力始终倒数第一）因此始终没有取得任何进展。
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