不一日洪安通、袁承志、归辛树夫妇先后抵达了京师。此时陈圆圆既然已然身故三桂便也没有再命他们几人出马。而是将他们留在了北京城并常住在自己的国公府中。
经过连续几个月的逃亡生涯终于在钟毓二年（1645年）三月李自成所率的五百余亲兵卫队在逃往湖广的途中被熟知湖广地形的王大力率五千骑兵将之围住。经过一场大战后李自成最著名的胡苗范田四大护卫当场死掉了三个只剩下一个身负重伤的胡姓护卫拼死护着李自成逃离伏击。随后也伤重不治的死在路上而李自成此时身边只剩下十八名护卫仓惶的逃到了湖广地带。直到了五月李自成在湖北通山九宫山下被当地人现。随后由当地的富户地主组织了一批数百人的武装队伍将李自成伏击而李自成身边仅有十八名护卫又没有什么出色的高手因此根本抵挡不住由山上射来的乱箭以及滚下的礌石。随后十八名护卫一一惨死只剩下李自成重伤被擒。本来那些富商想把李自成送往京师借以升官财但李自成暴虐的性格以及拼命挣扎的身子让他不敢再犹豫随后将李自成当场砍杀尸派人送往京师。就这样李自成这个闯荡天下多年亲手葬送了崇祯帝国声名赫赫的闯王最终却惨死在一帮无名小卒之手终年仅四十岁。
收到这个消息三桂没有做出什么特别的反应这种结局早在他的意料之中。没想到李自成到头来还是这样一个死法他叹了口气随后布军令将追杀李自成的几路骑兵大军召回京师候命。
接下来三桂把全部的精力都用在了整顿军备上为统一天下做足了准备。而此时李自成遗留在北京城中的大量财宝及粮草物资等倒起到了很大的作用。
又过了几个月到了钟毓三年（1646年）三月北方冰雪季节已过正是春暖花开之时。而三桂经过几个月的时间也已经整兵砺马完毕。于是他上奏钟毓帝请求出兵西南川中清剿盘踞在那儿的张献忠所部。顺便将各地活跃的小股义军俱都剿灭以还天下太平。
钟毓帝准奏并封辽国公吴三桂为天下兵马大元帅全权负责清剿残留在各地的义军匪患。三桂领旨随后将朝政暂时托付给重新入朝任职的辅大臣洪承畴、兵部尚书祖大寿、吏部尚书牛金星和户部尚书徐过强等人。自己则亲率骑兵十万步兵十五万共计二十五万大军浩浩荡荡的出征南下。
而此时张献忠已经在川中的成都称帝建国号“大西”改元“大顺”并以成都为西京。拥兵数十万实力强盛一时。当三桂亲率大军进入四川后张献忠依然没有将其放在眼内。并对手下众将夸口要亲手替闯王复仇。随后他亲率大军直出成都主动向三桂的军队出击。双方激战于彭山的江口三桂先是利用各种犀利的爆炸性武器打了张献忠一个措手不及随后又使用新开研制出不久的地下石油围堵住张献忠的军队最后趁其不备点燃起一把大火。令张献忠数十万大军惨败于火攻之下使其伤亡惨重大败后退回成都。
三桂紧接着率军围攻成都不给张献忠一丝喘息的机会。只用了短短两日三桂大军便利用炸药炸塌了城墙及城门一举攻入成都城。张献忠再次大败只率数千残部仓惶逃出成都。而三桂则紧追不舍终于在追到川西北充县与盐亭县交界处的凤凰山坡时将张献忠残部拦截。而张献忠死到临头兀自不肯归降依然想做困兽之斗。三桂一声令下数十万大军手榴弹、火箭、弓弩齐只过了不过一刻钟这数千残兵便全数被炸身亡。而张献忠自然也没能逃得脱劫难。
就此彻底平定了四川三桂在大胜之后率军返回途中又不断的派出各路军队清剿各地的小股义军、山贼及匪患共计剿杀、收服了七八万人这才安然返回京师。从此天下基本已经安定下来。
进了北京城三桂受到了全城百姓的热情欢迎。而满朝文武更是被下旨亲自步行到北京城门口处迎接三桂大军凯旋。
接下来由钟毓帝亲自在皇宫内举行了盛大隆重的晚宴所有的王公贵族、皇亲国戚、达官贵人以及各路的战将均有份参与出席。气氛空前的热烈。
随后钟毓帝开始论功行赏。三桂全军各级将士都有封赏尤其是三桂本人由于功劳太大只靠他一人之力便扫清了内忧外患并平定了天下。挽回了大明王朝岌岌可危的险境并使得它重新焕了新朝的气息。因此经过再三的商讨议论钟毓帝终于决定。特颁下圣旨并昭告天下加封辽国公吴三桂为蓟王封地包括由蓟州开始经山海关以东包括辽东的广大区域。并且世世罔替代代永袭。
这道圣旨一下立时在整个天下造成了轰动。要知自大明开国几百年来还从未有哪一个异姓之人被获封为王位。至多也就是封到公、侯、伯为止而三桂则打破了这一惯例成为了大明王朝开国两百余年来第一个异姓王。